L’Université compte trois organes : l’Assemblée Générale, le conseil d’Administration et le Comité de Gestion.
Il est l’organe chargé de l’administration générale de l’Université kongo, sous la direction du PCA qui est le représentant légal de l’Assemblée. Ses sont désignés par les groupes d’intérêts, et investis par l’Assemblée générale, pour un mandat de cinq ans, renouvelable.
Le membres du Comité de Gestion, à savoir le Recteur, le Secrétaire Général Académique et le Secrétaire Général Administratif, gère l’Université au quotidien. Ils sont élus par les membres du corps académique, pour un mandat de cinq ans non renouvelables.
