A ses débuts l’U.K. a fonctionné avec 4 campus étalés dans la province : Kisantu, Mbanza-Ngungu, Matadi et Boma. Mais cette expérience a créé beaucoup de problèmes de fonctionnement à la jeune institution universitaire.
Face à ces difficultés, conformément à ses statuts, l’Université Kongo se déploie sur deux sites, à savoir :
1) Le site de Mbanza-Ngungu, siège de l’institution, où sont organisées les Facultés d’Architecture, Urbanisme et Aménagement du Territoire ; de Droit ; des Sciences Economiques et de Gestion ; Polytechnique et des Sciences Agronomiques.
2) Le site de Kisantu où sont installées les Facultés de Médecine, des Sciences Sociales, Politiques et Administratives, et des Sciences de l’Information et de la Communication.
L’Université Kongo dispose d’un site de 32 Ha à Mbanza-Luvaka où sont érigés les bâtiments facultaires ainsi que le bâtiment de l’administration centrale (en chantier).
Actuellement les structures de l’Université se présentent comme suit :
1° L’Assemblée Générale composée des représentants du Peuple Kongo –Propriétaire.
2° Le Conseil d’Administration
3° Le Recteur
Le Comité de Gestion (COGES) est dirigé par le Recteur qui a, en plus, la responsabilité de la recherche, des publications et de la coopération universitaire. Il est l’ordonnateur principal des dépenses de l’université.
Le Secrétaire Général Académique gère, avec la collaboration d’un Chef des Services Académiques (CSAC), le secteur académique : cours, examens, délibérations, documents académiques,… Le Secrétaire Général Administratif gère, quant à lui, les aspects administratifs (logement, restauration, transport, personnel, mutuelle de santé,…). De par sa taille, et pour des raisons de contraintes financières, le Comité de Gestion de l’Université Kongo ne reprend pas le poste d’Administrateur du budget. Cette fonction est cumulée par le Secrétaire Général Administratif qui gère également, en collaboration avec le chargé des Finances, les aspects financiers et assure la bonne exécution du budget de l’Université