Le Comité de Gestion (COGES) est dirigé par le Recteur qui a, en plus, la responsabilité de la recherche, des publications et de la coopération universitaire. Il est l’ordonnateur principal des dépenses de l’université.
Le Secrétaire Général Académique gère, avec la collaboration d’un Chef des Services Académiques (CSAC), le secteur académique : cours, examens, délibérations, documents académiques,… Le Secrétaire Général Administratif gère, quant à lui, les aspects administratifs (logement, restauration, transport, personnel, mutuelle de santé,…). De par sa taille, et pour des raisons de contraintes financières, le Comité de Gestion de l’Université Kongo ne reprend pas le poste d’Administrateur du budget. Cette fonction est cumulée par le Secrétaire Général Administratif qui gère également, en collaboration avec le chargé des Finances, les aspects financiers et assure la bonne exécution du budget de l’Université